按照《重庆市机构改革方案》要求，重庆组建市生态环境局。将原重庆市环境保护局的职责，以及重庆市发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，重庆市国土资源和房屋管理局的监督防止地下水污染职责，重庆市水利局的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，重庆市农业委员会的监督指导农业面源污染治理职责等整合，组建重庆市生态环境局，作为重庆市政府组成部门。不再保留市环境保护局。

2018年10月23日，重庆市生态环境局正式挂牌亮相。

2021年3月31日下午，重庆市五届人大常委会第二十五次会议通过决定任命吴盛海为重庆市生态环境局局长。

2020年3月，获得生态环境部2019 年生态环境保护执法大练兵省级表现突出组织单位表扬。

2021年6月25日，重庆市生态环境局固体废物与化学品处党支部被表彰为“市直机关先进基层党组织”。

2021年12月，重庆市生态环境局大气环境处干部被重庆市人力资源和社会保障局、 重庆市气象局授予“2016-2020年度重庆市气象工作先进集体”称号。

2021年12月23日，重庆市生态环境局法规处被授予“2016-2020年重庆市法治宣传教育工作先进集体”称号。